疼痛為肛周膿腫主要臨床症狀，疼痛較強烈以至於影響患者坐臥。首先應選擇手術治療，手術切開引流以後膿液排出，疼痛自然可緩解。其次，可口服止痛藥物，如雙氯芬酸、布洛芬、洛索洛芬等非甾體抗炎藥，均相應有一定療效。

如果仍不緩解，可以口服嗎啡或杜冷丁片等阿片類藥物，甚至肌注阿片類藥物止疼。部分止疼藥物為栓劑形式，塞肛也可達到止痛目的，如吲哚美辛栓、雙氯芬酸鈉栓。此外表面麻醉劑如利多卡因凝膠或奧普卡因凝膠塗抹患處，也有一定鎮痛療效。