肛周膿腫一旦診斷明確，即使不痛不癢也必須進行手術治療。藥物治療如口服抗生素或輸液，均非正確治療方式且可能無作用。如果合併嚴重系統性疾病，如嚴重糖尿病或心臟有瓣膜移植的情況，則需應用抗生素輔助治療。

一般肛周膿腫不痛不癢的情況較少見，需進一步通過檢查，明確是否為肛周膿腫。因為可能是囊性腫物，如膿腫內雖有囊性與積液，但本身為腫瘤，故而可能為良性腫瘤或惡性腫瘤，因此外在表現為肛周膿腫，但又無不適感。此時提示需謹慎對待，不可簡單診斷為肛周膿腫，可有惡性的可能。