肛周膿腫出現後，可能會由於自行破潰導致膿液流出或經過手術切開引流。若手術創面或破潰的創面長期無法癒合，導致殘留的創面分泌黃白色或膿血性的分泌物，並伴有肛門的不適感或輕微疼痛，通常表明已經繼發肛瘻。肛周膿腫屬於急性炎症，而肛瘻屬於慢性炎症，若肛周膿腫經過治療未完全治癒，會演變為肛瘻。

當出現肛周膿腫時，應進行規範化的專業治療，不能夠以肛周膿腫自行破潰導致膿液流出作為痊癒的依據。對於肛周膿腫的治療，引流需徹底。較小的引流口可能無法使膿液完全流出，因為流出的膿液僅為已經形成的膿液，而在後續的發展過程中還會形成較多的膿液。切開後應及時將膿液引流，還需放置引流條等，將後續產生的膿液繼續進行引流。所以肛周膿腫切開後，需要一週左右的時間感染才可被完全控制。