肛周膿腫本身會很疼，在發病時患者會覺得紅、腫、熱、痛，甚至疼痛難忍。其實手術中不會感覺到疼，因為採取的是全麻方式，患者清醒後手術已經做完。術後疼痛不會很重，因為此時已經沒有肛周膿腫的疼痛，術後只是創口疼痛，如果不大便，對創口無刺激，也不會疼。術後還會應用止疼藥，一般24小時都會覆蓋，因此，術後疼痛比較輕微，疼痛期一般是7天，7天后即使不用止疼藥，也不會太疼。

因此，肛周膿腫手術治療效果非常好，疼痛比較輕，尤其與術前疼痛對比，疼痛明顯減輕。但是，在患者大便時會感覺到疼痛，可採取中藥坐浴或溫水坐浴等方法，減輕創口的疼痛。