肛周膿腫不論輕重，一旦形成膿，很難自愈，都需要通過手術進行治療。肛周膿腫越輕，手術效果越好，痛苦越小，癒合越快。因此，一旦形成膿腫，建議及時手術治療，不要拖延。因為即使靠抵抗力、抗消炎藥或外洗、消炎栓把膿腫壓回去，但是以後還會再發作，而且下次會更嚴重，位置越來越高，越來越不好治療，形成瘻管後會更加複雜，容易在治療過程中遺漏、復發。

因此，肛周膿腫第一次發作是最佳治療時機，因為沒有多餘的瘻管、膿腔需要處理。因此，一旦肛周膿腫形成或者硬結形成，建議及時行手術治療。膿腫越小，治療起來效果越好，而且徹底根治還可避免反覆發作。如果反覆發作，把小病拖成大病，把簡單的病拖成複雜的病，治療起來就會很困難，損傷也大，因此建議及早手術治療。