肛周膿腫和肛瘻都需要手術治療，肛周膿腫急性發作時先予以切開引流，形成肛瘻後再進行肛瘻手術；或者可以進行肛周膿腫根治術。一般是手術一次性解決肛周膿腫，不再形成肛瘻而進行二次手術，可以減輕患者痛苦，節約治療時間和成本。

對於肛瘻的治療，如果是低位肛瘻，可以直接行切開治療。如果是高位肛瘻，用虛實結合掛線方法進行治療，此方法與傳統方法相比，患者痛苦小很多，因為它不再進行緊線，大大減少了患者痛苦，用絲線代替皮筋，疼痛感也減輕。未緊線對括約肌是一種保護，未完全切斷括約肌，使括約肌得到部分保護，對術後肛門功能保護非常好。