肛周膿腫的高低主要在於膿腫位置離肛門的遠近，離肛門口越近，表示肛周膿腫位置越低，離肛門口越遠表示位置越高，也可以理解為距離肛周皮膚的遠近問題。從醫學角度而言，肛周膿腫的位置如果處於肛門括約肌的中上部，則屬於高位膿腫，如果在肛門括約肌的中下處，則屬於低位膿腫。

肛周膿腫的高低表示膿腫的複雜程度，膿腫位置越高，相對越複雜，越複雜的肛周膿腫可能手術難度更大，複發率越高，治癒率也越低。低位膿腫相對比較簡單，多數能夠治癒，複發率也較低，治療上也較為簡單。所以對於肛周膿腫患者，到醫院診治的第一步除了明確診斷以外，需要儘快判斷膿腫的高低。