小兒肛周膿腫自愈性可能性較小，可以進行保守治療，在保守治療基礎上注意個人衛生狀況，保持肛門部位乾燥和清潔，大便過後儘量用溫水進行沖洗。如果肛周化膿情況較為嚴重，建議及時行手術治療。

小兒肛周膿腫多由患兒母親換尿布或紙尿褲時發現，腫塊多已明顯形成，實際發病比體徵早3-5天，故發現腫塊大多數膿液已成，保守治療已經無效。不論膿腔破潰與否，只要腫塊出現液化形成腔隙，按之有波動應該早期採取手術治療。早期手術因膿腔內未完全形成瘻管，易癒合，癒合瘢痕細小，不影響肛門功能。因此，發現兒童存在輕微肛周膿腫時可以先採取保守治療，但發展成為肛瘻後，手術治療是唯一出路。