小兒肛周膿腫有一定自愈傾向，在膿腫初期可以選擇保守治療，保守治療方法有很多包括口服中藥及消炎藥、靜脈輸液、中藥燻洗坐浴、藥膏外敷或藥栓塞肛等方法。具體而言應該根據肛周膿腫不同症狀和時期配合使用不同中藥口服，例如在膿腫初期膿還未完全形成時候一般應用仙方活命飲煎服，如果膿腫已經形成但膿腔未潰破時，一般應用透膿散加減，膿腫晚期破潰流膿後可以應用青蒿鱉甲湯口服，還可以配合中藥苦參湯、止痛如神湯以及醫院自制藥例如複方芩柏顆粒劑燻洗坐浴，或外用百多邦、魚石脂軟膏、金黃散等外面擦，感染症狀較明顯應該使用抗生素抗感染。每天可以用溫開水坐浴2-3次，保持肛門部清潔、同時應該要注意以下幾點：

1、儘量採用母乳餵養，減少腹瀉發生；

2、提高衛生水平，加強嬰幼兒臀部護理，每次大小便後應該及時更換尿片、多清洗，避免使用粗糙尿布，多使用棉質尿布，嬰幼兒特別新生兒用暴曬或燙過相對無菌柔軟尿布。

如果肛周膿腫已經成膿應早期切開排膿引流、控制感染，不可保守治療，以免病情加重。如果膿腫反覆發作或反覆破潰流膿，甚至形成肛瘻，這時保守治療無作用反而會延誤病情，建議及時選擇手術治療。