肛周膿腫在急性感染期時感染組織會出現紅腫腫塊，肛周膿腫是一種只有通過手術才能夠治癒疾病，手術治癒此類疾病唯一一個方法。因此出現肛周膿腫如果診斷較明確時，應該及時選擇手術治療，手術目的是將膿腫膿腔切開，使膿液充分順利地引流出，膿腫切開排膿後，後期往往會變成肛瘻，需要進行第二次手術才能夠完全治癒。

如果條件允許可以一次性進行根治術，因為肛周膿腫不治療還會向周圍其它間隙蔓延，導致膿腫病變擴大，有可能發生壞死性筋膜炎，甚至還可能危及生命。如果時間或條件不允許或有其他病情影響無法手術，可以在這時使用抗菌藥物等方法保守治療，通過消炎膿液慢慢可以吸收，一般1周左右局部紅腫會慢慢消退，但最後腫塊並不會完全消退，膿腫會形成一個硬結，膿腔疤痕組織會形成一個條索狀管道，因為感染根源是因為內口存在，後期可能反覆出現急性感染引發肛周膿腫的症狀。總之保守治療無法治癒肛周膿腫，最後還需要進行手術治療。