肛周膿腫併發症相對比較多，常見併發症是可能會形成肛周瘻管。如果肛周膿腫比較嚴重、患者本身患有糖尿病或其它嚴重免疫系統疾病，可能還會發生局部組織壞死或筋膜潰爛。

如果肛周膿腫沒有及時治療，感染可能會向盆腔蔓延，導致直腸陰道瘻和膀胱瘻。因此，建議患者出現不適後及時到醫院就診，明確診斷後採取相應治療措施。