肛周膿腫通過手術治療，90%以上可達治癒。如果不手術，臨時性用抗生素抗炎消腫治療，也可能暫時得到緩解，但會留下隱患。當機體免疫力低下、疲勞或者在進食辛辣食品刺激情況下，會再次發作，影響工作、生活。要想痊癒只能通過手術治療，所以肛周膿腫建議進行手術治療。

手術治療現在有以下兩種：

1、切排掉膿腔形成自然肛瘻管道，等三個月以後再進行肛瘻切除；

2、肛周膿腫有內口，叫肛腺內口，如果在手術中把內口打開，清理掉以後可以達到一次性治癒目的。