預防肛周膿腫復發，首先要做到徹底根治膿腫原發病灶，也稱內口。如果不能準確找到肛周膿腫內口並且徹底把它切除，就存在復發的機會。肛周膿腫內口被感染的是肛竇部位，肛竇內存有被感染的肛腺，肛腺通往肛門周圍組織，清除膿腫內口就是清除被感染的肛腺從而阻斷肛周膿腫復發。

正確尋找引起肛周膿腫內口主要依靠有經驗的醫生指診，相對B超可以起到輔助明確出口位置。患者術後保養也是防止復發的重要條件，應當注意少吃辛辣、辛發食品，保持大便軟化，養成良好的生活習慣。