B超可以檢查出肛周膿腫，肛周膿腫最簡單的鑑別是可以通過臨床症狀加以鑑別，如果是比較淺表的膿腫，肛週會出現腫痛，皮膚皮溫也會增高，甚至會出現潰破，觸痛非常劇烈。

如果是比較深的高位膿腫，病人會出現嚴重疼痛，但表面並沒有紅、腫、熱、痛表現，觸痛也不明顯，但會伴有比較嚴重的發熱。如果出現這種情況，建議通過彩超或CT進行輔助檢查，以鑑別是否是真正的肛周膿腫。如果通過輔助檢查彩超、CT甚至包括核磁共振確診為肛周膿腫，此後則需要根據膿腫的大小決定是否進行手術干預。通常如果膿腫大於2cm，一般需要進行手術，否則很難治癒，即便使用藥物控制，之後復發的幾率也會非常高。