肛周膿腫術後復發的治療和肛周膿腫初次治療基本一樣，但一般如果復發，仍然在原部位生長，這時往往將其認為是肛瘻，會按照肛瘻的治療方法進行手術。肛瘻的治療一般需要手術治療，一般通過保守治療無法治癒。肛瘻手術又根據瘻管的深淺有不同的治療方法，如果瘻管內口位置比較深，此時一般採取掛線療法。如果位置非常深，掛線療法已經不足以切斷裡面的組織，此時一般進行引流或者進行主動的沖洗引流。

如果肛瘻瘻管比較淺，可以採取切開瘻管的方法或直接切除瘻管的方法進行治療，因此具體採用何種手術方式需要根據內口和瘻管的位置決定。一定要注意術後會復發存在兩個原因，術後可能沒有注意養成好的飲食習慣和排便習慣，可能術後在切口癒合之前存在分泌物，沒有及時進行坐浴或者處理，切口表面癒合，而內部沒有癒合，導致分泌物無法排出，在身體免疫力下降的時候會出現復發。