肛周膿腫術後換藥存在一定程度的疼痛，當然由於每個人對疼痛的敏感程度不同，因此反應也不同，但由於肛周神經分佈非常密集，對痛覺的感觸非常敏銳，因此肛周膿腫手術以後疼痛對於絕大多數人比較明顯。

對於這種疼痛可以進行干預，現在採用無痛病房管理，從術前的心理安撫到術中局部麻醉，封閉治療和微創治療，包括術後的階梯式止痛方法都可以很大程度的減輕病人術後的疼痛，因此無需過度擔心術後疼痛的問題。當然現在引進的激光坐浴設備可以使病人的疼痛感很大程度上減輕，因此也不要因為畏懼疼痛而拒絕進行手術治療。