肛門囊腫常指肛周膿腫，囊腫和膿腫是兩種情況，囊腫是內部包裹性積液，而膿腫是感染病灶，屬於兩種完全不同的情況。如果膿腫位置很高，對於這種膿腫往往要採取引流的方法。當然在必要的時候，還可以採取沖洗引流的方法，主動進行沖洗引流，膿腫一般也會自愈。

如果是在齒狀線以上，中間組織有一定的含有括約肌，這時不可直接離斷，否則會導致大便失禁，這時在切開引流的同時，一般會進行掛線治療。掛線的目的是引流，形成慢性的切割作用，而這種慢性的切割可以避免導致大便的失禁。如果位置更低，此時可以進行擴大的創面的引流，一般通過術後的坐浴、護理，可以使其癒合。