肛周膿腫有97%以上的可能性要形成肛瘻。而如果不治療肛瘻，感染原未被去除，則還會再出現肛周膿腫，復發現象將會出現，但個別情況除外，3%的肛周膿腫可能治癒以後不形成肛瘻，因此復發幾乎很難避免。
在肛周膿腫治療的時候，如果醫生髮現有可疑的感染內口，可能會進行肛周膿腫一次性根治術。一次性根治術成功的概率在50%左右，如果手術成功，則無肛周膿腫復發的可能性。但如果不成功，在急性感染期，內口判定不能達到百分之百，不能十分準確地找到內口，感染原沒有被去除，則肛周膿腫將會再次出現復發的徵象。