肛周膿腫發作原因尚未明確，但是對於誘因存在共識，比如飲食因素，辛辣、刺激、飲酒都有可能增加肛周膿腫發作的概率。而生活習慣，如熬夜、久坐等，使整個機體抵抗力和免疫力下降的誘因，都可能增加肛周膿腫發作的幾率。

導致肛腸膿腫發生的原因很多，外傷或者排便以後損傷均可能導致發生膿腫。但是臨床上所謂的肛周膿腫指腺源性肛周膿腫，即肛竇、肛腺感染以後形成的膿腫，包括不同範圍，如坐骨直腸窩、直腸後間隙、肛周皮下間隙，不同間隙的膿腫最後預後和治療方案不同。