肛周膿腫的手術種類很多，根據膿腫部位以及嚴重程度決定手術方式。對於表淺膿腫，範圍較小，或涉及到肌間隙，且情況並不複雜，這種手術是小手術。完全是通過切開引流，能使膿腫得到快速癒合。

對於位置比較高，涉及間隙比較多，而且範圍比較廣，比較複雜的膿腫，如肛提肌以上的的膿腫，或者坐骨直腸窩的深部膿腫，或直腸黏膜下較高位的膿腫，這種膿腫外部表現不典型，但早期會發生中毒症狀。此時做手術，其相對是大手術，此類手術損傷大且需要掛線，恢復時間也較長。所以肛周膿腫手術的大小隻能根據病情做相應的考慮。