子宮內膜結核的治療，最重要的治療手段是使用抗結核藥物的治療。治療過程中，根據病情的輕重程度不同、治療方案及療程不同，並且依據細菌培養結果制定一套治療方案，但是一般至少需要1年以上的療程。如果出現耐藥等情況，還需要延長治療時間，甚至達到2年以上。有些內科治療效果不好的病人，考慮手術治療。

子宮內膜結核抗結核藥物的治療，為了達到理想的效果，在治療過程中，必須始終貫徹結核病化療的五項原則，即早期、規律，聯合、適量、全程的原則。在治療過程中患者應具有良好依從性，切勿擅自停藥、減藥，以免造成治療不徹底，容易復發或者耐藥的產生。患者在治癒停藥以後，建議定期複查一段時間，才能保證以後不易復發。子宮內膜結核的患者，經過規律全程的抗結核治療後，出現復發或者播散至其它器官情況較為少見。