試管也有可能發生宮外孕，試管通常已經在體外形成胚胎，胚胎再移植到子宮腔內，但移植後的胚胎並不是立即著床。對於卵裂時期的胚胎，胚胎通常在宮腔內遊蕩1-3天左右才會著床，因為合體滋養層細胞未分化，尚不具備著床能力。囊胚移植後，會有1天左右的時間著床，在1-3天時間內，胚胎可以到處遊動，最常遊動的位置是輸卵管。

只要輸卵管未結紮，輸卵管管腔通暢，則有可能從宮腔進入輸卵管管腔。部分患者進入輸卵管管腔以後可以回來，如果部分患者患有輸卵管炎，或輸卵管通暢度較差，則可能有去無回，就停留在輸卵管，甚至通過輸卵管進入腹腔、卵巢或闊韌帶，從而發生宮外妊娠，稱為宮外孕，上述可能性皆有。所以做試管嬰兒前通常會和病人談話，說明試管同樣存在宮外孕、流產等可能性。