宮外孕手術和人流手術不一致，人流手術針對宮內孕，妊娠囊位於宮內，這時要將宮頸擴張，再通過負壓吸引吸出胚胎。而宮外孕，妊娠部位在宮外，無法通過負壓吸引吸出胚胎，只能通過腹腔鏡，經腹腔進入後進行手術。但並非所有的宮外孕患者均需要手術，如果需要手術，可以用腹腔鏡或者開腹手術。

目前隨著微創技術的推廣，大部分患者可以採用腹腔鏡進行手術。由於大部分妊娠部位均為輸卵管，所以主要進行患側輸卵管切除術。如果妊娠發生在卵巢，可能要清除妊娠物，修補卵巢組織。如果妊娠發生在輸卵管間質部或者宮角，可能在切除輸卵管的同時，需要楔形切除部分宮角組織。如果發生在子宮殘角，要將子宮殘角和輸卵管一併切除，但是宮外孕手術必須經腹部進行，不可能從陰道進行。