川崎病急性期治療2周，如果治療比較順利，患者急性期未合併冠狀動脈病變，恢復期治療通常為3個月。如果患者早期血管炎較嚴重，出現高炎症因子血癥或嚴重冠狀動脈病變，如出現巨大冠狀動脈瘤，急性期治療可能需要1個月甚至2個月。後期治療需要明確冠狀動脈病變恢復情況，以決定治療週期，患者後期合併心血管後遺症，治療週期也會相應延長，如數月、數年甚至十幾年。

如心血管後遺症半年或者1年內逐漸恢復正常，則可以停止相關治療，定期隨訪、觀察即可。若合併嚴重心血管併發症，可能需要終身或長期抗凝治療，治療週期相對比較漫長。