通常川崎病急性期，規定到8-12周複查一次。如果3個月複查時，患兒沒有合併嚴重的心血管後遺症，也沒有肝功能損傷或其它系統受累的表現，可以停藥，認為急性期的川崎病已經度過。後期建議患兒3-6個月進行門診的隨訪。隨訪內容包括複查血常規、心電圖，冠狀動脈超聲尤其重要，要評估遠期有無冠狀動脈受累。

如果是比較輕型的川崎病，沒有合併嚴重冠狀動脈受累，建議隨訪1年左右。如果家長有條件，也可以定期1-2年對孩子的心臟進行檢查，看後期有無遠期的心血管合併症。如果急性期合併心血管合併症，比如川崎病合併冠狀動脈擴張、冠狀動脈瘤、缺血性心肌病，建議長期進行心內科門診隨訪，一直到冠狀動脈回縮正常。