目前隨訪觀察，如果川崎病沒有遺留心血管後遺症，患兒預後良好，生長發育大致正常。如果早期川崎病患兒血管炎比較嚴重，出現嚴重冠狀動脈併發症，導致冠狀動脈瘤甚至冠狀動脈血栓形成，對患兒長大後影響比較大，可能後期容易出現缺血性心臟病或心肌梗死，甚至冠狀動脈狹窄、心力衰竭。部分患兒需要進行冠狀動脈搭橋手術或冠狀動脈介入手術，甚至早期合併嚴重缺血性心臟病，可能需要進行心臟移植等治療，這部分患兒可能對長大後會有嚴重影響。

目前研究資料表明，大部分川崎病患兒長大後沒有明顯影響。但因為川崎病是血管內皮炎症，有部分研究顯示，幼時患川崎病的患兒到中晚年，因為早期可能冠狀動脈受累出現炎症，後期出現冠狀動脈粥樣硬化、冠心病概率較高。