川崎病會影響肝功能，因為川崎病早期合併嚴重肝功能受累，比如血生化檢查出現轉氨酶明顯升高，還有部分孩子嚴重時，可能出現黃疸或肝功損傷等，但經過治療，肝功能基本可恢復正常。川崎病後期會口服阿司匹林，有部分患兒可能存在肝功能損傷，所以後期口服阿司匹林時，要定期監測肝功能。

早期川崎病未用阿司匹林之前，出現肝功能損傷，屬於川崎病血管炎所致，即肝細胞功能受累，出現轉氨酶升高甚至個別孩子會出現膽紅素升高。如果肝功能或膽紅素升高，也提示川崎病的患兒早期炎症反應比較重，同時可能丙種球蛋白出現無反應發生率，較丙種球蛋白敏感的孩子高，且肝功能或膽紅素也是川崎病的血管炎症反應，或預後不良的早期預警。