川崎病的病因尚未完全明確，但是流行病學和臨床表現顯示，可能與感染有關，呈流行性、地方性，臨床上存在的病因有以下幾個方面：

1、感染學說：一般認為它與多種病原感染有關，比如溶血性鏈球菌、EB病毒等感染；

2、變態反應學說：認為本病可能是宿主對感染原的一種異常的反應，可以由細菌、病毒、寄生蟲等抗原刺激機體引起；

3、藥物學說：抗生素、磺胺藥、異煙肼、水楊酸類以及苯巴比妥類藥物可能引起川崎病。