新生兒室間隔缺損的原因，到目前為止並沒有明確定論，可能和環境因素有關，亦可能和遺傳因素有關。或者是在胚胎髮育過程中受到感染、化學藥物、輻射等干擾，亦有可能是夫妻雙方遺傳因素導致的心臟在出生時存在缺陷。因此，無論何種因素導致胚胎在發育過程中，出現心臟停頓或者畸形，均可能誘發先天性心臟病。

新生兒室間隔缺損，是先天性心臟病中較為常見的種類，可以獨立存在，也可以和其它心臟畸形合併出現。故室間隔缺損佔所有先天性心臟病的半數以上，是較為常見的類型。