室間隔缺損需要通過手術或者是介入封堵進行矯治，目的是將缺損通過人為的方法關閉。手術以後內皮細胞在一定時間內會攀爬到手術部位，經過3-6個月以後，內皮細胞會形成正常心內膜。因此室間隔缺損通過手術治療以後，通常不會出現復發情況。

室間隔缺損根據大小和位置可分為兩種情況，一種可以自愈，另一種不可以自愈。對於小於3mm的室間隔缺損，通常位於膜部或者膜周部，有自愈的可能性。當缺損直徑＞3mm，或者位於流出道、動脈主幹下位置時，自愈可能性很小。通過多中心、大樣本數據，對於室間隔缺損修補術後的患者進行調查，術後患者的遠期生活質量和心功能，與正常人群並沒有明顯區別。