由於病因不同，治療腸炎服用的藥物也有所不同，常見病因及治療如下：

1、急性感染性腸炎：通常選用抗生素，如喹諾酮類、頭孢類消炎藥，或者一些對症治療的藥物，如黃連素、蒙脫石散、腸道益生菌，包括地衣芽孢桿菌、枯草桿菌等；如果是病毒感染導致的腸炎，需進行對症支持治療，比如充分補液、擴容，應用止瀉藥物；

2、潰瘍性結腸炎：可以服用美沙拉嗪，嚴重時可以使用激素誘導緩解，另外，還可應用免疫抑制劑、生物製劑治療；

3、缺血性結腸炎：對於各種原因導致的腸道缺血引起腹痛、腹瀉、血便，此時應使腸道休息，並且服用抗生素進行治療，還可以應用阿司匹林以及改善腸道血液的藥物等；

4、結核性腸炎：需進行對因治療，即抗結核治療。