矮小症診斷是將一個個體兒童身高數值與相似生活環境下，同種族、同年齡、同性別正常兒童身高參照值做比較。如果低於參照人群平均身高數值減去兩個標準差，或低於第三百分位數，就是所說矮小症。如果一個3週歲整男孩，目前量身高是89cm，判斷是否屬於矮小症，需要對照我國目前採用男孩0-18歲兒童青少年身高體重百分位數值表，此數值表基於2005年九省市兒童體格發育調查數據所制定參照數值。由數值表可對比3週歲男孩身高，第三百分位數數值對應應該是89.7cm，目前男孩身高是89cm，小於參照人群數值第三百分位數，所以男孩符合矮小症診斷。
如果一個4歲半女孩，目前身高測量是99cm，從女孩百分位數值表上，可對比4歲半女孩身高第三百分位數數值對應是99.2cm，因此女孩身高小於參照人群數值第三百分位數，屬於矮小症。所以不同性別，不同年齡兒童身高是否符合矮小症診斷，一定要對照數值表中相應參照數值才能來確定。