矮小症會隔代遺傳，但遺傳幾率相對小，一般當代遺傳幾率較大。隔代遺傳指在一家三代人中第一代和第三代出現類似表型，而第二代沒有相似表型的現象，隔代遺傳是表觀遺傳和數量遺傳共同作用的結果。

個人身高增長受很多因素調控，雖然遺傳因素佔有重要作用，但矮小症病因較多，包括遺傳因素、疾病因素、體質因素、營養因素、社會心理問題等。且並非所有矮小症都會遺傳，若父母親矮小是因後天因素造成，如母親出生時有先天性心臟病或營養不良，該類矮小症就不會遺傳，或某些兒童矮小症因生長激素不足造成，該類矮小症也不會遺傳。