益生菌可以治療腸炎。益生菌在醫院能開取出來的包括雙歧桿菌、三聯活菌膠囊、雙歧桿菌四聯活菌片以及美常安、整腸生等製劑，可以酌情進行選擇。腸炎可以是慢性結腸炎、慢性直腸炎，也可以是小腸的慢性炎症，還可以是潰瘍性結腸炎。無論何種類型的腸炎，均可以使用益生菌進行調理，均具有輔助治療的效果，能起到一定的療效。

益生菌能夠治療腸炎，但不是所有的腸炎單憑益生菌能夠治好。例如潰瘍性結腸炎與自身免疫相關，輕症需要使用柳氮磺吡啶類的藥物，例如氨基水楊酸製劑等；重症可能需要應用糖皮質激素，甚至免疫抑制劑進行治療。益生菌在不同的情況下，均能夠對腸炎具有輔助治療作用。不同的類型的腸炎，醫生還會加用其他的藥物治療，遵醫囑服藥即可。