只有少數慢性腸炎會轉變成結腸癌，通常與引起慢性腸炎的病因有一定關係，具體如下：

1、潰瘍性結腸炎：與免疫性有關，如果這類患者未經過規律有效的藥物治療，導致病情的反覆發生、病情遷延、病史時間過長。例如未規律藥物治療的潰瘍性結腸炎，病程時間＞10年的患者，實際在這種慢性腸炎的基礎上，發生結直腸癌的風險會較高。由於在慢性炎症的刺激下，可能引起腸道發生炎症性的息肉增生，息肉在長期炎症刺激下可能逐漸轉變成腸道腫瘤。如果出現上述情況，需要將病變部位的結腸、直腸在外科手術下進行切除；

2、腸道功能紊亂：部分俗稱的慢性腸炎實際可能歸屬於慢性功能紊亂，部分患者出現長期的大便不成形、大便次數多，但是腸鏡檢查並未報告潰瘍結腸炎或者有嚴重的佔位性疾病，實際是腸道功能紊亂，這類所謂的慢性腸炎不會轉變為結腸腫瘤。