雙氣囊小腸鏡部分是經口進到小腸以後標定位置，然後再分解，從肛門再進，兩頭對接。腸裡有很多食物，也有排洩物，所以要清腸，就是在檢查前一天晚上進無渣、半流質食物，晚上8-9點左右根據要求口服瀉藥，喝瀉藥可能造成電解質丟失，可以喝淡鹽水、糖水補充。

另外，要觀察糞便情況，做之前的糞便要排到類似於清水一樣，這是最好的效果。如果排的糞便還有糞渣，可能到第二天早晨6-7點，還要進行清潔灌腸，以達到腸道準備乾淨、清潔，才有利於檢查，不然做腸鏡以後全是糞便，影響檢查視野，同時檢查當天早晨禁食，可以喝糖鹽水。