當專業泌尿外科醫生評估患兒腎積水嚴重程度，並決定需治療後，通常需通過手術解決。首先根據腎積水原因進行手術。常見尿路梗阻造成腎積水，尿路梗阻可以發生在輸尿管、腎臟相連接部位，即需進行相應手術，將連接部位梗阻通過手術切除後，再進行上下端吻合。如果梗阻發生在輸尿管和膀胱相連位置，需將狹窄段切除，且做膀胱輸尿管再植術。

如果腎積水由膀胱輸尿管反流造成，一般單純進行輸尿管再植即可。當然對於嚴重腎積水，腎功能低下，往往第一次根治性手術效果較差，可先做姑息性手術，即腎臟穿刺造瘻術。等到3個月重新進行腎功能的評估，再決定做腎切除，亦或腎臟腎積水的根治性手術。當然手術可通過開放手術或腹腔鏡手術，甚至最先進的機器人手術解決。