十二指腸瘻的治療需根據患者的情況進行選擇，通常經過非手術治療，充分引流以及通過營養支持，多數患者能夠痊癒。對於較為嚴重的十二指腸瘻，或創傷導致的十二指腸毀損、暴裂，治療較為困難。手術包括膽道引流、膽囊造瘻，甚至患者需做胃離斷、胃空腸吻合等。

十二指腸瘻是一種較為嚴重的疾病，目前死亡率比較高，主要原因是十二指腸內有胃液、膽汁、胰液，是人類三大消化液的匯合，具有較強的腐蝕性，流量很高。一旦發生十二指腸瘻，腐蝕性液體流到腹腔或者流到體外，患者會出現比較嚴重的腹膜炎、嚴重腐蝕性改變，以及嚴重的營養、電解質丟失。所以十二指腸瘻會導致病人全身改變，而不是局部改變。