十二指腸炎的發生可能與飲食、生活習慣、環境、遺傳、精神壓力等因素有關係。包括吸菸、飲酒、刺激性食物，還有醃製食物，不新鮮的食物；藥物主要包括非甾體抗炎藥，刺激性的中草藥等；還有放射線照射。另外，胃內的幽門螺旋桿菌感染、精神緊張、勞累、壓力過大，應激都可以引起十二指腸的炎症。幽門螺旋桿菌感染，其中是其重要的病因，可以反覆引起胃、十二指腸的炎症、潰瘍等病變，尤其是當季節交替、冷熱交替的時候，特別容易出現胃和十二指腸及消化性潰瘍的發生。嚴重的患者可以出現消化道出血，以及穿孔等併發症。

所以十二指腸炎，尤其是有十二指腸球部潰瘍的患者，需要儘早行碳13呼氣檢測，檢測患者是否感染有幽門螺旋桿菌。如果檢測結果是陽性，需要進行規範根除幽門螺旋桿菌的治療，而不能單純的服用保護黏膜的藥物，否則會反覆的發生十二指腸球部的炎症及潰瘍。