十二指腸球炎以上消化道症狀為突出的臨床表現，也沒有非常特殊的症狀，多數十二指腸球炎患者表現為右上腹不規律隱痛，伴有或不伴有噁心、納差等上消化道症狀。部分患者會表現為頻繁噯氣，少數患者還可能會出現納差，飲食出現厭油等非特異性症狀。懷疑十二指腸球炎的患者，應儘快到消化病專科門診或者消化科門診就診，儘早接受胃鏡檢查，明確十二指腸球炎診斷。
十二指腸球炎的臨床表現由於沒有很好的特異性，又出現以右上腹的不適為主要臨床表現，所以懷疑十二指腸球炎的患者，必要時藉助B超、腹部CT等相應檢查，尤其是老年患者，以便排除慢性膽囊炎、膽結石或肝臟疾病的可能性。