十二指腸鏡是診斷和治療膽道、胰腺疾病的重要手段。目前，膽道結石、膽道腫瘤、膽道狹窄、膽道蛔蟲以及胰腺疾病，如急性膽源性胰腺炎、胰腺囊腫、胰腺腫瘤，均需做十二指腸鏡。

一般可通過十二指腸鏡行乳頭的切開、膽道結石的取出、膽道狹窄的支架植入、胰腺腫瘤的支架植入、胰腺、胰管狹窄的支架植入。還有隨著醫學的發展，還可以通過十二指腸鏡再植入膽道子母鏡，對膽道做進一步的觀察以及在子母鏡下行鈥激光碎石、液電碎石等。