阿莫西林通常可以治療肺炎鏈球菌、金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌等致病菌導致的急性中耳炎，但是對於病毒感染等原因導致的分泌性中耳炎沒有效果。為了避免不當用藥，建議使用阿莫西林時在醫生指導下進行，避免自行用藥。
如果是急性中耳炎，通常是肺炎鏈球菌、溶血性鏈球菌等致病菌導致，患者可以遵醫囑吃阿莫西林，因為阿莫西林對於以上細菌有抑制作用，可以起到消炎的效果，但前提條件是對阿莫西林不過敏。
在口服阿莫西林的時候，最好同時使用含有抗生素成分的滴耳液滴耳，例如氧氟沙星滴耳液，可以直接作用在鼓膜表面，起到局部消炎作用。
如果是慢性中耳炎急性發作，例如出現耳道流膿、流水、聽力下降時，也可以遵醫囑吃阿莫西林控制感染。如果是慢性中耳炎的間歇期，沒有急性發作，注意避免感染即可，不需要服用阿莫西林。
此外，如果是分泌性中耳炎，並且是病毒感染導致，患者咽鼓管咽口阻塞，使中耳腔出現負壓，中耳腔的分泌物導致中耳炎，如果不是細菌感染引起，吃阿莫西林沒有效果，所以不用吃，遵醫囑應用鼻腔噴霧劑、黏液促排劑即可。
耳部悶脹、聽力下降、耳道流膿的患者需要及時前往耳鼻喉科就醫，一旦確診為中耳炎，需要根據分型來進行治療，不是所有患者都適合服用阿莫西林，建議患者遵醫囑用藥，不要自行用藥。