結核性腹膜炎經過早期診斷並經規律抗結核、化學藥物治療，可以完全治癒，不易復發。結核性腹膜炎預後與臨床病理類型、治療是否及時、合理有效，以及有無併發症、何種併發症關係密切。隨醫療技術水平進步以及人民生活水平改善，結核性腹膜炎治癒率明顯提高。

早期發現、遵醫囑合理治療預後大多良好。但就診或確診較晚延誤治療時機，或病情危重急劇惡化、機體抵抗力差，可形成腸粘連、腸穿孔、化膿性腹膜炎、腸梗阻、腹壁瘻。甚至腸瘻，或化療方案不合理、無法達到滿意效果等，均會導致預後較差。未經醫囑不規律抗結核治療則會導致耐藥、復發。