結核性腹膜炎與肺結核基本的治療原則和治療藥物大體相同，因為結核性腹膜炎也是由於結核分枝桿菌引起的疾病。肺結核通過最初的一線治療，如異煙肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇治療。

如果結核性腹膜炎，合併有其它併發症，比如腹水。在臨床上也會通過腹腔穿刺抽液，把腹水抽出來，以減輕腹腔的粘連，有利於疾病的快速恢復。