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兒童矮小症的治療方法，需要先尋找到矮小症的原因，針對原因進行治療，比如垂體有腫瘤需做手術把腫瘤切除，甲狀腺功能低下需補充甲狀腺素，遺傳代謝病則需糾正遺傳代謝造成的紊亂。如果沒有以上原發因素，僅為生長激素缺乏引起的矮小症，治療方法主要為應用生長激素。生長激素的應用需在正規醫院，經過正規兒科、內分泌科醫生的充分評估後，再決定是否應用生長激素。生長激素屬於藥物，可引起某些不良反應，如造成糖耐量異常，促進糖尿病發生。
家族性矮小和遺傳有關，矮小症患兒身高小於第三百分位或小於2個標準差，對其進行全面的檢查，如做骨齡、生長激素激發試驗、全身的查體以及其它相關檢查。檢查顯示患兒整體看沒有太大問題，如骨齡沒有明顯的落後，智力正常、五官端正、全身均勻，垂體正常。且生長激素激發試驗也在正常範圍內，沒有慢性病。
矮小症指身高低於同地區、同性別、同年齡、同種族的第3百分位線以下或者減2個標準差。一般矮小症的孩子能否達到遺傳身高要因人而異，有些孩子生長激素缺乏，發現很及時，治療用藥也很及時，且孩子對藥很敏感，如果孩子規範用藥，可能達到遺傳身高 。雖然部分孩子生長激素缺乏，但發現較晚，用藥不規律或者對生長激素不敏感，孩子很可能達不到遺傳身高。
5歲的孩子107cm矮不矮需根據性別判斷，男孩與女孩的平均身高不同。一般5歲孩子107cm約為第25百分位，而身高在第3百分位以下為矮小症，即100個孩子排倒數第三稱為矮小，第50百分位為平均身高，第25百分位比正常孩子偏矮，但並未達到矮小程度。
5歲的寶寶身高103cm不屬於矮小症，在正常範圍之內，5歲寶寶的身高通常波動在98-124cm，平均身高為110cm，家長不必過於擔心，但身高103cm與平均身高相比還是略微偏低，建議家長可以採取以下幾個方法幫助寶寶長高：
特發性矮小症一般是指按照目前醫學檢查手段，並未發現明確病因的一種矮小症，例如生長激素激發試驗、電解質檢查、肝腎功能檢查、血常規檢查、其它激素水平檢查及頭顱核磁共振等；若存在皮膚特異斑等特別改變，進行基因檢測，未發現導致矮小原因， 稱為特發性矮小症。