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自身免疫性腦炎是指自身免疫反應介導的腦炎，由於機體免疫系統發生識別錯誤，產生針對神經系統組織的抗體，從而攻擊自身神經系統，產生一系列症狀。臨床最常見抗NMDA受體腦炎。核心症狀主要包括以下六點：
自身免疫性腦炎的治療方案是一線治療，一線治療經常可以選擇的糖皮質激素治療、血漿置換，以及靜注人免疫球蛋白治療，是最常用於自身性免疫性腦炎的治療。如果一線免疫治療效果不佳，患者可以考慮二線自身免疫性腦炎治療，二線治療可以選用藥物是利妥昔單抗和硫唑嘌呤。部分復發患者可能需要長程免疫治療，需要使用嗎替麥考酚酯或者硫唑嘌呤。
腦炎一般是由於人體受到某些病毒、細菌、結核、真菌、寄生蟲等感染所引起的腦部炎症反應，主要包括腦實質炎症以及腦膜炎症等，如隱球菌引起的隱球菌性腦炎或腦膜腦炎等。大部分腦炎不會傳染，如自身免疫性腦炎等，即體內產生某些由於感染或者其它原因產生的抗體，抗體識別錯誤，識別自身腦部組織所導致。
大腦炎後遺症有可能無法治好，只要是神經系統後遺症，代表疾病經過一段時間治療及康復後，再也不能恢復。任何後遺症都有一段時間的觀察期，比如有器質性腦損傷疾病，出現神經功能缺失性症狀，大概需要觀察1年。1年內能夠恢復好轉便可臨床診斷痊癒 ，若超過1年神經功能缺損性症狀無法恢復，則叫做後遺症，意味著會終身遺留，無法治好。
腦炎指大腦和中樞神經系統，發生病原體感染而引起的疾病，可因不同病原體感染，以及累及大腦或腦膜不同而表現出不同症狀。病原體感染常見的有病毒性、細菌性，還有原蟲感染，或特殊性感染，如結核性腦炎腦膜炎和真菌類感 染，主要是隱球菌感染所引起，腦炎的症狀主要表現為以下方面：
單純皰疹病毒性腦炎屬於病毒性腦炎當中較嚴重的類型，明確是單純皰疹病毒導致的中樞神經系統感染，患者會出現精神行為異常、意識障礙、癲癇發作，以及神經功能缺損表現，患者感染比較重，可能還會伴隨出血、滲血。治療方法是針對病毒感染的病因治療，建議患者用阿昔洛韋規範抗病毒治療，同時針對患者可能會出現的精神行為異常，進行抗精神行為異常的治療，可能出現癲癇發作，進行癲癇的規範治療，同時要保證患者的營養攝入、水電解質酸鹼平衡。如果腦水腫比較嚴重，顱內壓比較高，會進行降顱壓的對症支持治療，要注意預防肺部感染等併發症。
手足口病引起腦炎可能遺留不同後遺症，如癲癇、智力發育障礙、情緒障礙、運動功能障礙、聽力障礙等。腦炎繼發癲癇需要接受抗癲癇藥物治療，多數患兒可以控制癲癇發作，需要定期複查，遵守醫囑用藥。部分患兒抗癲癇藥物療效較差可以考慮生酮飲食、迷走神經刺激術、癲癇外科手術治療等。智力發育障礙者需要接受康復治療或特殊教育；情緒障礙者需要心理科和精神科醫生協同參與診治；運動障礙者控制嚴重程度需要康復治療，良好的護理也非常關鍵；聽力障礙者需要五官科醫生共同參與診治，甚至需要配戴助聽器。