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腦炎病灶可能在2周以內痊癒或終身不能痊癒，不能吸收。需要依據腦炎病灶具體含義判斷，病毒性腦炎常見腦細胞水腫，經過有效治療1周左右即可以出現水腫消退，病灶吸收可能存在腦細胞死亡出現腦軟化、膠質增生，類似腦瘢痕形成，可能終身存在病灶。
通常病毒性腦炎治癒的時間是14天左右，在14天急性期治療使病情較穩定後，後期可做高壓氧治療。對於危重病人，若細胞損傷較嚴重，常可進入昏迷期而成為植物人，甚至有生命危險。部分病人昏迷時間較久，急性期後植物人狀態可持續多年。
兒童病毒性腦炎的主要治療方法是對症支持治療以及抗病毒治療。對於病毒性腦炎的患兒，通常情況下表現症狀較輕，僅出現發燒、頭疼、精神狀態較差、腦電圖異常等，且治療3-7天后症狀明顯緩解，無需通過較多的抗病毒藥物或營養支持藥物進行治療。 另外，兒童病毒性腦炎有自限性、自愈性，家長無需過度緊張，也無需進行過度治療。
病毒性腦炎是兒童期或學齡期較常見的中樞神經系統感染性疾病，通常由於普通的病毒感染所致，臨床表現為發燒、流鼻涕、咳嗽等症狀。另外，病毒性腦炎還可能由特殊病毒感染造成，比如麻疹病毒、水痘病毒、腮腺炎病毒。對於 年齡較大的患兒，則容易出現腮腺炎病毒引起的腦膜炎，甚至可以出現出疹的過程。