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乙型腦炎病毒是一種人畜共患的自然疫源性病毒，約有60種動物可感染乙腦病毒，是本病在自然界中的動物宿主，而豬是導致人感染最重要的傳染源。豬感染乙腦病毒3-5天可發生病毒血症，人被攜帶乙腦病毒的蚊子叮咬之後而導致感染。
單純皰疹病毒性腦炎是最常見的散發性、致命性腦炎，年發生率為1/50萬-1/25萬，無明顯季節性和性別差異，死亡率高達30%，且神經系統後遺症發生率高，因此比較嚴重。本病臨床表現和體徵無特異性，表現為頭痛、發熱、頸強直、局灶性神經功能缺損、意識障礙、精神行為異常、癲癇及認知障礙等。單純皰疹病毒性腦炎可能造成顳葉出血，為減少神經系統後遺症，應儘早進行診斷和治療。因此，當臨床考慮單純皰疹病毒性腦炎時，應立即開始治療，並根據腰穿結果、影像學、血清學和分子檢驗結果進行調整。
自身免疫性腦炎是一類由自身免疫機制介導的，針對中樞神經系統抗原產生免疫反應所導致的腦炎。本病核心症狀表現為亞急性起病的工作記憶障礙、精神行為改變以及精神症狀，認知和行為改變有時較早發生，更多的是伴隨睡眠障礙、癲癇 、活動障礙、小腦共濟失調或腦幹症狀。
2歲兒童一般囟門已經閉合，部分兒童囟門還沒有閉合，囟門突起是否有臨床意義，需要結合具體情況判斷。如果兒童各方面情況良好，只是哭鬧時前囟門隆起，屬於正常現象。如果安靜狀態下前囟門隆起且張 力高，提示顱內壓力增高，可見於顱內出血、腦積水、腦腫瘤及腦炎等疾病。
腦炎後遺症一般會在6個月時顯現，但不一定所有腦炎患者都會有後遺症。輕症腦炎一般不遺留後遺症，腦炎後遺症多發生在重症腦炎患者，此類患者神經影像學如頭部磁共振等檢查可見結構性異常，如腦軟化、膠質增生等。
重症腦炎典型臨床表現一般可以分為四期，包括初期、極期、恢復期及後遺症期。重症腦炎患者恢復期一般為1-3個月，甚至6個月左右。絕大多數重症腦炎患者會留下一定後遺症，如果發病6個月後仍然有神經系統功能缺損，稱為後遺症期。常見後遺症包括語言障礙、意識障礙、 認知障礙、運動障礙、吞嚥障礙、視聽功能障礙、症狀性癲癇及精神行為異常等，此類症狀可能要伴隨患者終身。
一般自免性腦炎稱為自免腦，即自身免疫性腦炎，是由自身免疫機制介導的腦炎，一般是因為腫瘤感染，各種損傷或不明原因導致身體產生特殊的抗體而介導自身的免疫系統對腦組織發生免疫反應出現腦炎症狀。此類症狀與普通腦炎症狀類似，但也有不同，例如異常精神行為、癲癇發作、記憶障礙等更常見。
腦炎不能通過血化驗診斷，腦炎診斷依靠臨床表現、腦炎體徵、腦脊液檢查、頭顱影像學以及腦電圖檢查綜合考慮。腦脊液檢查最重要，如果臨床有腦炎表現，腦脊液檢查符合腦炎特異性改變可以診斷腦炎。血液化驗中包括血常規，即使各種炎症指標增高只能說明人體內有感染，感染病灶在人體內某處，但不能定位在大腦。
臨床腦炎恢復期一般是6個月，如果6個月以內無其它症狀或後遺症表現提示好轉痊癒。有時根據不同腦炎和不同病情存在個體差異，普通病毒性腦炎和細菌性腦膜炎如果急性期無併發症，無腦實質受損，臨床經驗提示穩定2-4周很少有病情反覆。此時複查 腦電圖和磁共振大多數都可以判斷是否痊癒。如果臨床無特殊不適則無需檢查，繼續觀察即可。
臨床以6個月為期限，如果6個月腦炎不能痊癒，需要考慮可能出現後遺症。腦炎後遺症是因為急性期腦損傷引起，因此經驗豐富的醫師即使在急性期對腦炎患者進行充分檢查以後，很快可以預判今後有無後遺症，例如繼發性癲癇通常是因為有腦細胞受損或腦軟化灶形成，智力 低下也是因為腦損傷嚴重，腦積水是因為腦膜炎較嚴重導致腦脊液循環梗阻和障礙等。