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免疫性腦炎後遺症狀根據腦炎輕重程度劃分。免疫性腦炎可輕可重，輕症患者可能表現為一過性精神症狀或者輕度的症狀，如記憶力問題，治療後即可痊癒，預後較好。較重的自身免疫性腦炎患者，其免疫系統較活躍，對腦部攻擊範圍較大，可能會出現嚴重的癲癇即抽搐，患者可能呼吸功能會受到影響，嚴重時可能會導致死亡。還有一些患者可能會遺留部分癲癇，時常會出現癲癇發作或者精神症狀。
顧名思義腦炎所致的精神障礙，是由於各種原因所致腦部炎症、水腫，引起神經損傷有關的一類疾病，也是大腦高級中樞神經系統功能受損的一種表現。在臨床上表現比較複雜，可以表現出幻覺、幻視、思維不連貫、表情欣快、情緒低落、哭笑無常、躁狂發作、行為怪異等。治療方法如下：1、病因學治療：通過腦脊液和血清病毒學、神經影像學檢查，明確腦炎性質是病毒感染性還是免疫性，並給予相應處理；2、對症治療：針對精神症狀的藥物選擇比較專業，睡眠障礙經常選苯巴比妥類，抗精神病藥如富馬酸喹硫平等。有躁狂傾向的患者經常選用奧氮平這類藥物，鎮靜作用比較強。而具體藥物選擇應該由精神科醫師評估之後才能做選擇。
腦炎在急性期通過正規治療，較少出現腦炎後遺症，多數患者預後較好。病情嚴重者可出現後遺症。根據腦組織損傷部位不同，臨床表現多種多樣，如痴呆、言語障礙、哭笑無常、多汗，以及癲癇發作，即反覆抽搐。還可出現智力障礙、肢體活動障礙，嚴重者出現植物生存狀態，即植物人。