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普通腸鏡檢查有時對於小腸病變是鞭長莫及，但膠囊內鏡能觀察到整個小腸病變情況，能夠填補普通胃腸鏡檢查盲區。膠囊內鏡是小腸疾病第一線診斷工具，對於胃鏡及結腸鏡檢查陰性，但腹部症狀仍持續存在的情況，有助於明確病因。
行膠囊內鏡檢查前，醫生應評估患者病情並完善相關檢查，對於存在膠囊內鏡檢查禁忌症患者，則不宜行膠囊內鏡檢查，行膠囊內鏡檢查前一天應注意事項具體如下：
腸道菌群失調臨床常見於腸道感染，臨床表現常見為腹瀉，腹瀉伴隨大便性狀態改變，包括大便不成形、有黏液，甚至偶有膿血表現，可能出現腹痛、噁心、嘔吐、發熱等表現。